Eğitim-araştırma- innovasyon üçgeninde bir araya gelerek oluşturacağımız sinerji ile, ülkemizde lisansüstü eğitimde sürdürülebilir gelişmelerin sağlanması doğrultusunda düşünceler üretmek ve bu düşüncelerin gerçekleşmesi için gerekli girişimlerde bulunmak, lisansüstü eğitimle ilgili politikalar oluşturmak, lisansüstü eğitimi destekleyen kuruluşları teşvik ve organize etmek.  

Konseyin amacı Fen Bilimleri Enstitüleri arasında bilişimi geliştirmek ve Enstitüler arasında eşgüdümü sağlamak. Çalışma grupları oluşturmak ve koordine etmek. En az yılda bir kere bir toplantı organize etmektir. Toplantılar çalıştay, sempozyum, kongre şeklinde düzenlenebilir. Toplantıya gerekirse dışarıdan konuşmacı çağrılabilir. Konsey toplantılarında alınan kararlar toplantıyı organize eden enstitü müdürü tarafından yazılı hale getirilir ve konsey üyelerine dağıtılır. Konsey gündemi üyelerden gelen talepler dikkate alınarak belirlenir.